MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium perfringens str. 13 plasmid pCP13

Total Repeats: 1359

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003042	GAA	2	6	942	947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
2	NC_003042	AAC	2	6	984	989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081480
3	NC_003042	AGA	2	6	1017	1022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
4	NC_003042	TAT	2	6	1037	1042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081480
5	NC_003042	TAG	2	6	1043	1048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081480
6	NC_003042	TCAA	2	8	1059	1066	50 %	25 %	0 %	25 %	15081480
7	NC_003042	TAA	2	6	1154	1159	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081480
8	NC_003042	GAAA	2	8	1219	1226	75 %	0 %	25 %	0 %	15081480
9	NC_003042	CAA	2	6	1252	1257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081480
10	NC_003042	AGA	2	6	1287	1292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
11	NC_003042	ATT	2	6	1301	1306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081480
12	NC_003042	CCA	2	6	1321	1326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15081480
13	NC_003042	AGA	2	6	1437	1442	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
14	NC_003042	TTC	2	6	1500	1505	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081480
15	NC_003042	TAC	2	6	1506	1511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081480
16	NC_003042	TAA	2	6	1515	1520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081480
17	NC_003042	A	6	6	1556	1561	100 %	0 %	0 %	0 %	15081480
18	NC_003042	GTA	2	6	1594	1599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081480
19	NC_003042	GAA	2	6	1612	1617	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081480
20	NC_003042	TCT	2	6	1633	1638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081480
21	NC_003042	AGCAAG	2	12	1644	1655	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	15081480
22	NC_003042	TTTAA	2	10	1688	1697	40 %	60 %	0 %	0 %	15081480
23	NC_003042	A	6	6	1798	1803	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
24	NC_003042	GAG	2	6	1817	1822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15081481
25	NC_003042	TA	3	6	1853	1858	50 %	50 %	0 %	0 %	15081481
26	NC_003042	ATAG	2	8	1862	1869	50 %	25 %	25 %	0 %	15081481
27	NC_003042	AGA	2	6	1924	1929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
28	NC_003042	TAG	2	6	1959	1964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081481
29	NC_003042	TAA	2	6	1995	2000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
30	NC_003042	GTG	2	6	2001	2006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15081481
31	NC_003042	AGA	2	6	2009	2014	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
32	NC_003042	TAAG	2	8	2025	2032	50 %	25 %	25 %	0 %	15081481
33	NC_003042	ATA	2	6	2108	2113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
34	NC_003042	AG	3	6	2138	2143	50 %	0 %	50 %	0 %	15081481
35	NC_003042	A	6	6	2200	2205	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
36	NC_003042	ATT	2	6	2243	2248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081481
37	NC_003042	GA	3	6	2291	2296	50 %	0 %	50 %	0 %	15081481
38	NC_003042	ATAA	2	8	2297	2304	75 %	25 %	0 %	0 %	15081481
39	NC_003042	GAA	2	6	2387	2392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
40	NC_003042	ATA	2	6	2414	2419	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
41	NC_003042	GAT	2	6	2420	2425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081481
42	NC_003042	AAG	2	6	2445	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
43	NC_003042	GAA	2	6	2486	2491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
44	NC_003042	AGAATT	2	12	2494	2505	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	15081481
45	NC_003042	A	6	6	2507	2512	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
46	NC_003042	GAA	2	6	2519	2524	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
47	NC_003042	AGA	3	9	2548	2556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
48	NC_003042	TGAAAA	2	12	2587	2598	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15081481
49	NC_003042	A	8	8	2603	2610	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
50	NC_003042	TAA	2	6	2620	2625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
51	NC_003042	GAA	2	6	2633	2638	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
52	NC_003042	GAA	2	6	2675	2680	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
53	NC_003042	AGA	3	9	2707	2715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
54	NC_003042	AGA	2	6	2743	2748	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
55	NC_003042	TAA	2	6	2827	2832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
56	NC_003042	AATT	2	8	2886	2893	50 %	50 %	0 %	0 %	15081481
57	NC_003042	TAA	2	6	2926	2931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081481
58	NC_003042	A	6	6	2936	2941	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
59	NC_003042	AGA	2	6	2959	2964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081481
60	NC_003042	TTA	2	6	3014	3019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081481
61	NC_003042	A	6	6	3019	3024	100 %	0 %	0 %	0 %	15081481
62	NC_003042	A	6	6	3151	3156	100 %	0 %	0 %	0 %	15081482
63	NC_003042	AATA	2	8	3173	3180	75 %	25 %	0 %	0 %	15081482
64	NC_003042	A	6	6	3197	3202	100 %	0 %	0 %	0 %	15081482
65	NC_003042	AAC	2	6	3215	3220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081482
66	NC_003042	ACC	2	6	3230	3235	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15081482
67	NC_003042	T	6	6	3281	3286	0 %	100 %	0 %	0 %	15081482
68	NC_003042	AGA	2	6	3293	3298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081482
69	NC_003042	AGA	2	6	3332	3337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081482
70	NC_003042	AGA	2	6	3346	3351	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081482
71	NC_003042	ATA	2	6	3391	3396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081482
72	NC_003042	GA	3	6	3429	3434	50 %	0 %	50 %	0 %	15081482
73	NC_003042	AAGA	3	12	3452	3463	75 %	0 %	25 %	0 %	15081482
74	NC_003042	AT	3	6	3493	3498	50 %	50 %	0 %	0 %	15081482
75	NC_003042	TAA	2	6	3507	3512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081482
76	NC_003042	T	6	6	3784	3789	0 %	100 %	0 %	0 %	15081484
77	NC_003042	TA	3	6	3797	3802	50 %	50 %	0 %	0 %	15081484
78	NC_003042	AAT	2	6	3827	3832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081484
79	NC_003042	ATTT	2	8	3852	3859	25 %	75 %	0 %	0 %	15081484
80	NC_003042	ATG	2	6	3861	3866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081484
81	NC_003042	TTC	2	6	3867	3872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081484
82	NC_003042	AAG	2	6	3873	3878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15081484
83	NC_003042	TAG	2	6	3943	3948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081484
84	NC_003042	AAT	2	6	4039	4044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081485
85	NC_003042	ACT	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081485
86	NC_003042	AACA	2	8	4186	4193	75 %	0 %	0 %	25 %	15081485
87	NC_003042	AAT	2	6	4195	4200	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081485
88	NC_003042	TA	3	6	4592	4597	50 %	50 %	0 %	0 %	15081486
89	NC_003042	ACTAAA	2	12	4642	4653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	15081486
90	NC_003042	ATG	2	6	4667	4672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081486
91	NC_003042	TAA	2	6	4679	4684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081486
92	NC_003042	TGT	2	6	4688	4693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15081486
93	NC_003042	TAA	2	6	4713	4718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081486
94	NC_003042	A	6	6	4717	4722	100 %	0 %	0 %	0 %	15081486
95	NC_003042	TAT	2	6	5167	5172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081487
96	NC_003042	ATT	2	6	5227	5232	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081487
97	NC_003042	TAA	2	6	5259	5264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081487
98	NC_003042	TTC	2	6	5286	5291	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081487
99	NC_003042	AAT	2	6	5322	5327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081487
100	NC_003042	CT	3	6	5363	5368	0 %	50 %	0 %	50 %	15081487
101	NC_003042	CAC	3	9	5375	5383	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15081487
102	NC_003042	AT	4	8	5391	5398	50 %	50 %	0 %	0 %	15081487
103	NC_003042	T	7	7	5401	5407	0 %	100 %	0 %	0 %	15081487
104	NC_003042	CAA	2	6	5423	5428	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15081487
105	NC_003042	TTA	2	6	5441	5446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081487
106	NC_003042	TCT	2	6	5449	5454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081487
107	NC_003042	TG	3	6	5478	5483	0 %	50 %	50 %	0 %	15081487
108	NC_003042	TTC	2	6	5517	5522	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081487
109	NC_003042	TATT	2	8	5591	5598	25 %	75 %	0 %	0 %	15081487
110	NC_003042	T	6	6	5605	5610	0 %	100 %	0 %	0 %	15081487
111	NC_003042	AAT	2	6	5619	5624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081487
112	NC_003042	CTT	2	6	5692	5697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15081487
113	NC_003042	ATC	2	6	5710	5715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081487
114	NC_003042	T	7	7	5721	5727	0 %	100 %	0 %	0 %	15081487
115	NC_003042	TTTA	2	8	5772	5779	25 %	75 %	0 %	0 %	15081487
116	NC_003042	TAA	2	6	5827	5832	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081488
117	NC_003042	ATA	2	6	5865	5870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081488
118	NC_003042	AACT	2	8	5873	5880	50 %	25 %	0 %	25 %	15081488
119	NC_003042	TAC	2	6	5885	5890	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15081488
120	NC_003042	TATAT	2	10	5907	5916	40 %	60 %	0 %	0 %	15081488
121	NC_003042	TTA	2	6	5965	5970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081488
122	NC_003042	AATC	2	8	6002	6009	50 %	25 %	0 %	25 %	15081488
123	NC_003042	T	6	6	6023	6028	0 %	100 %	0 %	0 %	15081488
124	NC_003042	ATT	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081488
125	NC_003042	ATG	2	6	6084	6089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15081488
126	NC_003042	ATA	2	6	6123	6128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081488
127	NC_003042	ATTA	2	8	6149	6156	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
128	NC_003042	TAAA	2	8	6197	6204	75 %	25 %	0 %	0 %	15081488
129	NC_003042	TCATA	2	10	6208	6217	40 %	40 %	0 %	20 %	15081488
130	NC_003042	TAA	2	6	6235	6240	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081488
131	NC_003042	TAT	2	6	6277	6282	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15081488
132	NC_003042	TGATT	2	10	6408	6417	20 %	60 %	20 %	0 %	15081488
133	NC_003042	T	6	6	6430	6435	0 %	100 %	0 %	0 %	15081488
134	NC_003042	CTG	2	6	6466	6471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15081488
135	NC_003042	ATA	2	6	6521	6526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081488
136	NC_003042	ATTA	2	8	6602	6609	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
137	NC_003042	TAA	2	6	6641	6646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15081488
138	NC_003042	TC	4	8	6670	6677	0 %	50 %	0 %	50 %	15081488
139	NC_003042	AT	3	6	6678	6683	50 %	50 %	0 %	0 %	15081488
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442	NC_003042	TA	3	6	19028	19033	50 %	50 %	0 %	0 %	15081506
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